Kompetisi itu akan berlangsung dengan format liga penuh, tetapi dengan sistem seri, yakni enam seri sebagaimana yang sudah disepakati dalam Kongres PSSI 2021 pada Sabtu kemarin dan dilaksanakan di tiga klaster daerah di Pulau Jawa.
Klaster pertama meliputi Jawa Barat, Banten, DKI Jakarta, klaster kedua yaitu Jawa Tengah dan Yogyakarta, lalu klaster ketiga Jawa Timur.
Nantinya, seri satu akan berlangsung di klaster pertama, seri dua di klaster kedua, seri ketiga di klaster ketiga. Lalu berlanjut ke seri keempat yang tetap di klaster ketiga, lalu seri kelima di klaster kedua dan seri keenam atau terakhir kembali lagi ke klaster pertama.
Adapun Liga 2 2021 dilaksanakan sekitar 14 hari setelah kick-off Liga 1.