Selain itu, ia juga pelopor kepanduan bangsa Indonesia pada masa pra kemerdekaan, yang kala itu disebut Pandu Rakyat Indonesia.
Saat perang kemerdekaan melawan Belanda, Habib Husein Muthohar juga ikut terjun ke pedang perang. Ia ikut dalam pertempuran Lima Hari di Semarang.
Memiliki Tanda Kehormatan Negara Bintang Mahaputera dan Bintang Gerilya, makam Husein Mutahar justru terletak di Taman Pemakaman Umum Jeruk Purut.
Husein Mutahar meninggal pada 9 Junio 2004, setelah sempat pula mengemban tugas sebagai Duta Besar Republik Indonesia pada Tahta Suci di Vatikan.
