Setelah memulai karier di dunia sepak bola, Natanael juga berhasil mendapatkan panggilan untuk mengikuti seleksi timnas Indonesia U-23.
Pemain yang sempat memperkuat Sulut United itu dipanggil pelatih Indra Sjafri yang tengah mencari pemain untuk SEA Games 2019.
Sayangnya, pemain asal Medan ini gagal seleksi. Dia harus tersingkir pada tahap akhir dan merelakan mimpinya untuk memperkuat skuad Garuda Muda di SEA Games 2019.
Namun, kesempatan kedua untuk memperkuat timnas Indonesia pada ajang olahraga paling bergengsi di Asia Tenggara itu kembali datang untuk Natanael.
Sebab, ia mendapat panggilan dari Shin Tae-yong untuk mengikuti pemusatan latihan sekaligus seleksi di Jakarta.
TC tersebut sebetulnya sudah dimulai sejak Desember tahun lalu. Kemudian sempat dilanjutkan pada Februari 2021.