Setelah sempat kembali dari masa pinjaman, dia kembali dilepas untuk memperkuat Qizilqum dengan status yang sama. Baru pada Desember 2012, Farkhod kembali memperkuat Pakhtakor Tashkent.
Setelah itu, tidak ada rekam jejak yang bisa ditelusuri lebih lanjut dari karier profesional yang dijalani oleh Farhod Nishonov. Sebab, dia diketahui memutuskan gantung sepatu pada januari 2014.
Dengan kata lain dia memutuskan mengakhiri kariernya sebagai pesepak bola saat masih berumur 23 tahun, lalu memilih melanjutkan pengabdiannya di dunia sepak bola sebagai pelatih.
Kontributor: Muh Faiz Alfarizie