Kala itu di tengah gedung didirikan menara dan di sekelilingnya dijadikan Kebun Raya yang diresmikan pada 18 Mei 1817. Untuk kebun raya sendiri didirikan seorang guru sekaligus Direktur Urusan Pertanian, Kerajinan dan Ilmu-Ilmu di Hindia Belanda, C.G.C. Reinwardt.
Sempat rusak berat karena gempa
Pada tanggal 10 Oktober 1834 gempa bumi mengguncang Istana tersebut sehingga rusak berat. Pada masa pemerintahan Gubernur Jenderal Albertus Yacob Duijmayer van Twist (1851-1856), bangunan lama yang terkena gempa, dihancurkan secara total.
Kemudian, bangunan tersebut dibuat kembali dengan arsitektur Eropa abad IX. Istana Bogor akhirnya diselesaikan pada masa kekuasaan Gubernur Jenderal Charles Ferdinand Pahud de Montager (1856-1861). Istana ini juga dijadikan kediaman para Gubernur Jenderal Belanda.
Pengibaran bendera merah putih
Setelah Jepang menyerah pada sekutu, sekitar 200 pemuda Indonesia yang tergabung dalam Barisan Keamanan Rakyat (BKR) menduduki Istana Buitenzorg dan mengibarkan Sang Saka Merah Putih. Namun, para pemuda dipaksa keluar setelah tentara Ghurka datang.
Namun, pada 1948 Istana Bogor kembali diserahkan pemerintahan Indonesia. Lalu pada Januari 1950 Istana Bogor resmi dipakai oleh pemerintah Indonesia saat ini, termasuk era Presiden Jokowi.
Seperti yang diketahui demonstrasi dilakukan di kawasan Istana Kepresidenan Jakarta dan gedung DPR RI Senayan. Namun, sebab adanya agenda rapat di Istana Bogor, mengharuskan Jokowi menetap di sana.
Sementara itu, beberapa masyarakat menuduh jika Jokowi menghindari demonstrasi dengan diam menetap di Istana Bogor. Namun, Kepala Sekretariat Presiden Heru Budi Hartono menyanggah jika Jokowi ke Istana Bogor untuk menghindari pengunjuk rasa.
Baca Juga: Isu Demo, Presiden Jokowi bekerja dari Istana Kepresidenan Bogor
"Enggak, enggak (menghindari). Dari minggu lalu terjadwal bahkan dari dua minggu yang lalu karena ada tamu negara hari Senin, kegiatan di sana terus bapak presiden lanjut di sana hari Selasa lanjut kegiatan di Bogor," kata Heru di Kompleks Istana Kepresidenan, Selasa.