Setelah itu, ia lanjut ke SMPN 1 Seram Timur. Ketika SMA, Bahlil dan keluarganya pindah ke Fakfak, Papua. Ia lalu bersekolah di SMA YAPIS Fakfak.
Usai SMA, Bahlil sempat enggan melanjutkan pendidikannya ke jenjang universitas. Alasannya karena faktor ekonomi dan kerusuhan pada Mei 1998.
Namun keinginannya untuk belajar begitu tinggi, sehingga ia melanjutkan pendidikan ke Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Port Numbay di Jayapura.
Kontributor : Damayanti Kahyangan