Sebagai seorang ulama, Gus Najih banyak menuangkan pikirannya dengan mengkritisi berbagai ajaran yang dinilai berseberangan, seperti gerakan Wahhabi Syiah, Ahmadiyah,dan Islam Liberal.
Salah satu upayanya memerangi ajaran-ajaran tersebut adalah dengan memberikan amanah ke K.H. Muhammad Idrus Ramli yang terkenal tegas untuk menjabat Ketua Umum Tanfiziyah.
Pemikiran Gus Najih juga tertuang dalam berbagai karya tulis, seperti Sunni, Syiah, Wahhabi, dan Pandangan Masyarakat Pesantren terhadap Perkembangan Aliran-Aliran Keagamaan dalam Masyarakat dan Konspirasi Kelompok Liberal dalam Menghancurkan Umat Islam di Indonesia.
Kontributor : Armand Ilham