Kemudian saat Megawati berhasil menjadi presiden, Hendri menjabat sebagai Ketua BIN. Relasi keduanya tak putus hingga pemerintahan Jokowi.
Hendro bahkan dijadikan penasihat di Tim Transisi Jokowi-JK.
Meski kemudian tak memiliki jabatan strategis di depan layar, Hendro menurut catatan Strait Times menjadi soosok di balik suksesi menteri BUMN Rini Sumarno. Dia juga menjadi orang yang terlibat dalam pembangunan pabrik mobil Esemka.
Keterlibatan Hendro di kancah politik 2024 masih menjadi pertanyaan. Namun jika Panglima Jenderal TNI Andika Perkasa masuk dalam bursa capres-cawapres mendatang, maka pengaruhnya bisa saja masih berlangsung.
Diketahui bahwa Hendropriyono sendiri adalah mertua dari Andika Perkasa.
