- Ia pernah terdaftar sebagai pendeta pada Badan Pengelola Am Sinode GKI di Tanah Papua, Wilayah VI Sorong-Kaimana.
- Yahya juga pernah menjadi Ketua Sekolah Tinggi Theologia Calvinis di Sorong pada 2000-2004.
- Yahya pernah menjabat sebagai anggota DPRD di salah satu kabupaten baru di Sulawesi Utara
- Ia juga tercatat pernah menjadi dosen di Universitas Balikpapan pada 2006
Kontroversi Yahya Waloni
![Ustadz Yahya Waloni marah ke panitia pengajian. Minta kursinya diganti / [tangkapan layar Youtube Zhinyal Islam]](https://media.suara.com/pictures/653x366/2021/04/15/85752-yahya-waloni.jpg)
Yahya Waloni dikenal publik sebagai penceramah kontroversial. Pasalnya, ia tidak satu dua kali saja melakukan aksi yang mengundang pro kontra.
Ustadz Yahya Waloni sempat membuat kontroversi karena pernyataannya yang tidak mempercayai Covid-19. Dalam pernyataannya, Ustaz Yahya Waloni tak takut COVID-19. Padahal Yahya Waloni telah berulang kali diperingati oleh istrinya untuk mengenakan masker.
Dalam YouTube Hadits TV, Yahya Waloni berkata bahwa sejak pandemi Covid-19 melanda Indonesia, ia selalu menolak untuk menggunakan masker. Bahkan hukuman denda yang berlaku tidak membuatnya takut karena ia yakin bahwa Covid-19 tidak ada.
Lalu pada awal Agustus 2021 kemarin, beredar foto di media sosial Yahya Waloni tampak tengah terbaring di sebuah ranjang rumah sakit dengan memakai selang oksigen. Namun belum jelas apakah Yahya Waloni terpapar covid-19 atau tidak.
Yahya Waloni juga sempat menyebut bahwa kebijakan PPKM Darurat Jawa-Bali dari pemerintah merupakan strategi komunis.
“Kita semua tahu tanggal 20 Juli adalah pelaksanaan hari besar Islam, untuk peringati hari raya kurban Idul Adha,” ujar Yahya Waloni. Ini mengapa tiap pelaksanaaan besar Islam selalu dikopat-kopitkan,” kata Yahya dalam ceramahnya.
Ia menambahkan, "PPKM Jawa-Bali ini cuma senjata politik, kalau kita lihat dari analisis politik, penduduk terbesar Indonesia itu di Pulau Jawa. Dan umat Islam juga besar di Jawa".
Terjerat Kasus Penistaan Agama
Baca Juga: Tegas! UAS Sebut Al-Quran Larang Umat Islam Hina Agama lain, Yahya Waloni?

Yahya Waloni dilaporkan oleh komunitas Masyarakat Cinta Pluralisme ke Bareskrim Polri atas dugaan penistaan agama terhadap Injil. Yahya Waloni dinilai menistakan agama setelah menyebut Bible itu palsu dalam ceramahnya.