Dia menandatangani kontrak permanen untuk tahun berikutnya, ia berhasil memenangkan Liga Champions AFC 2010 dan Piala FA Korea 2011.
Dia menjadi orang pertama yang memenangkan Liga Champions AFC sebagai pemain dan manajer. Namun, performa tim menurun di musim 2012, serta diperparah oleh kematian Sun Myung Moon, pendiri Gereja Unifikasi yang merupakan pemilik klub, di tengah musim.
Dia akhirnya mengundurkan diri dari Seongnam setelah menyelesaikan musim. Kemudian Ia mulai mengadi dengan Timnas Korea Selatan.
Pada Agustus 2014, ia menjadi asisten pelatih tim nasional Korea Selatan. Di bawah Shin, Korea Selatan mencapai Final Piala Asia 2015 untuk pertama kalinya dalam 27 tahun.
Pelatih Korea Selatan pada waktu itu adalah Uli Stielike, tetapi peran pembinaan yang sebenarnya dilakukan oleh Shin, yang mengambil alih taktik dan pelatihan tim.
Shin juga menangani tim nasional Korea Selatan U-23 pada saat yang sama dan berpartisipasi dalam Olimpiade Musim Panas 2016.
Korea Selatan berhasil menjadi juara grup dengan memperoleh 7 poin melawan Jerman, Meksiko, dan Fiji, tetapi secara mengejutkan mereka ditumbangkan oleh Honduras di babak perempat final.
Pada tanggal 22 November 2016, Shin diangkat sebagai pelatih tim nasional Korea Selatan U-20 untuk mempersiapkan diri di ajang Piala Dunia U-20 FIFA 2017 yang digelar di Korea Selatan.
Karena itu, ia meninggalkan tim senior untuk berkonsentrasi pada tim U-20. Di Piala Dunia, Korea Selatan finis di peringkat kedua grup dengan mengoleksi 6 poin dan maju ke babak gugur, tetapi mereka dikalahkan oleh Portugal di babak 16 besar.
Baca Juga: 9 Potret Donna Harun Bareng 4 Cucu, Akrab Sampai Bikin Iri Netizen
Setelah Shin meninggalkan tim senior Korea Selatan, Stielike membuat hasil yang buruk di Kualifikasi Piala Dunia FIFA 2018 dan akhirnya dicopot oleh Asosiasi Sepak Bola Korea.
Pada 4 Juli 2017, Shin menjadi pelatih tim senior menggantikan Stielike. Pada bulan Desember, ia memenangkan Kejuaraan EAFF 2017, setelah menghajar rival mereka, Jepang dengan skor telak 4–1 di pertandingan final.
Meskipun dua kali imbang tanpa gol, Korea Selatan di bawah Shin memperoleh tiket ke putaran final Piala Dunia FIFA 2018 di Rusia. Mereka tergabung bersama Swedia, Meksiko dan juara bertahan Jerman.
Korea Selatan kalah 0–1 dari Swedia dan 1–2 dari Meksiko, tetapi mengejutkan semua orang dengan mengalahkan Jerman 2–0.
Kini, Shin yang memiliki dua putra, Shin Jae-won dan Shin Jae-hyeok ini melatih di Indonesia. Pada tanggal 28 Desember 2019, Persatuan Sepak Bola Seluruh Indonesia (PSSI) mengkonfirmasi penunjukan Shin sebagai pelatih anyar Indonesia, menggantikan Simon McMenemy. Dia diberi kontrak 4 tahun.
Setelah awal yang buruk untuk masa jabatannya di babak kedua kualifikasi Piala Dunia 2022, ia memimpin Indonesia dengan usia pemain yang rata-rata 23,8 tahun ke final Kejuaraan AFF 2020.
