Setelah itu kariernya banyak dihabiskan sebagai politikus. Ia pernah duduk sebagai anggota MPR RI (1997-1999). Lalu menjadi Ketua Partai Bulan Bintang (1998-2001). Pada Pemilu 2014, Fadli Zon berhasil masuk parlemen dengan menjadi Wakil Ketua DPR RI (2014-2019), Ketua BKSAP DPR RI (2019-2024).Di partai menjabat sebagai Wakil Ketua Umum Partai Gerindra (2020-2025).
Tidak hanya sebagai politikus, Fadli Zon juga pernah menjabat sebagai Komisaris PT Tidar Kerinci Agung pada 2009, Direktur Bidang Kelapa Sawit PT Tidar Kerinci Agung (2007-2009), Direktur PT Padi Nusantara (sejak 2005), Direktur Umum Golden Spike Energy Indonesia Ltd (2002-2005), dan Nusantara Energy Ltd (1999-2001).
Ia juga aktif di organisasi Himpunan Kerukunan Tani Indonesia (HKTI) sebagai Sekretaris Jenderal (2010-2015), anggota Dewan Gula (2005–2009), dan Wakil Ketua Tim Pengawas Pengadaan Beras Bulog dan Anggota Oversight Committee Impor Beras (2005–2008).
Bidang kebudayaan, Fadli Zon pernah menjadi anggota Badan Pelestarian Pusaka Indonesia (BPPI), Dewan Pembina Rumah Puisi Taufiq Ismail di Aie Angek, dan Anggota Dewan Pakar Gebu Minang.
Kontroversi Fadli Zon
Nama Fadli Zon tidak lepas dari kontroversi, hingga Prabowo Subianto mengakuinya.
Dalam pidatonya di Kantor DPP Gerindra pada 2018 lalu, ketua umum partai berlambang kepala burung garuda itu menyebut, "Fadli Zon yang penuh kontroversi". Prabowo Subianto mengakui sulit mengendalikan Fadli Zon.
Fadli Zon kerap mengeluarkan pernyataan kontroversi, seperti di media sosial X.