Namun, Romo magnis sudah tinggal di Indonesia sejak tahun 1961, persisnya ketika masih berusia 25 tahun untuk belajar filsafat dan teologi di Yogyakarta. Pada tahun 1977, ia menjadi warga negara Indonesia.
Ia dikenal sebagai filsuf dan ahli kebudayaan Jawa. Franz Magnis mendapat gelar doktor filsafat dari Ludwig-Maximilian-Universitas, München, tahun 1975 dengan disertasi berjudul "Normative Voraussetzungen im Denken des jungen Marx".
Ia juga mendapat gelar doktor kehormatan di bidang teologi dari Universitas Luzern, Swiss.
Sementara pada 13 Agustus 2015, Presiden Joko Widodo menganugerahkan Franz Magnis Bintang Mahaputra Utama pada 13 Agustus 2015, berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 83/TK/TaHUN 2015 tanggal 7 Agustus 2015.
Anugerah Bintang Mahaputra Utama itu diberikan pemerintah atas jasa-jasanya di bidang kebudayaan dan filsafat.
