Eddy memutuskan untuk terjun ke dunia politik pada saat bekerja di perusahaan milik Bakrie. Kariernya di dunia politik dimulai saat kampanye pemilihan presiden 2004.
Kala itu, Eddy menjadi tim sukses salah satu pendiri PAN, Amien Rais. Selang satu tahun, Eddy dipercaya menjadi Sekertaris Jendral di partai berlambang matahari putih tersebut.