Pada 1997, Filep melanjutkan studinya di Asian Instutute of Management, Manila, Filipina. Namun sayang ia hanya menjalaninya selama 11 bulan dan tidak menyelesaikan studi tersebut.
Memperjuangkan kemerdekaan Papua
Pada 2 Juli 1998, Filep Karma memimpin sebuah demonstrasi di Biak, papua. Demonstrasi tersebut menuntut kemerdekaan Papua dan bahkan ia sempat mengibarkan bendera Binyang Kejora.
Ia dan 75 orang lainnya berkumpul, bernyanyi dan meneriakkan yel-yel kemerdekaan Papua. Aparat lalu bertindak represif dengan menembakkan gas air mata.
Namun massa bergeming, enggan untuk bubar dan tidak mau menurunkan bendera Bintang Kejora yang telah dikibarkan.
Demosntrasi berlanjut hingga 6 Juli 1998. Ketika itu aparat mengepung ratusan demonstran dan menembakkan senjata.
Peristiwa itu dikenal debagai peristiwa Biak berdarah dan dilaporkan 8 orang meninggal dunia.Namun menurut catatan LSM KontraS, dalam peristiwa itu ditemukan sekitar 32 mayat misterius di pantai pulau Biak.
Filep sendiri selamat dan hanya tertembak peluru karet di bagian kaki. Namun ia ditangkap atas tuduhan penghasutan,lalu dihukum 6,5 tahun penjara.
Namun ia bebas pada 20 November 1999 setelah menjalani hukuman selama hampir 1,5 tahunkurungan.
Baca Juga: Filep Karma Ditemukan Tak Bernyawa di Pantai Base G, Veronica Koman: Keluarga Masih Terguncang
Meski menuntut kemerdekaan papua, Filep mengaku menentang cara-cara kekerasan dalam setiap aksinya.
Dalam buku Seakan Kitorang Setengah Binatang, Filep mengatakan ingin mengedepankan cara-cara dialog dengan pemerintah Indonesia.
“Dialog antara dua orang bermartabat, dan bermartabat berarti tidak menggunakan kekerasan," kata Filep.
Pada 1 Desember 2004, Filep karma kembali ditangkappolisi karena terlibat dalam upacara pengibaran bendera Bintang Kejora di Abepura, Jayapura.
Filep ditangkap bersama aktivis Papua Merdeka lainnya, yakni YusakPakage. Kali ini ia didakwa telah melakukan makar dan penghasutan dan divonis hukuman 15 tahun penjara.
Ia lalu ditahan di Lembaga pemasyarakatan Abepura dan bebas pada 19 November 2015 setelah mendapatkan remisi dan menjalani hukuman selama 11 tahun.
