Salah satu dugaan tersebut muncul dalam tulisan Soebandrio lewat jurnalnya bertajuk Kesaksianku tentang G30S.
Di dalam jurnal tersebut, Soebandrio menduga ada pertemuan rahasia antara Soeharto dengan Latief dan Letkol Untung selaku pemimpin aksi penculikan para Dewan Jenderal di malam 30 September 1965.
Soebandrio menyebut bahwa Latief sempat mengungkapkan rencana kudeta Presiden Soekarno, tetapi Soeharto terkesan membiarkannya.
Di sisi lain, Soeharto juga disebut tak memberitahukan informasi terkait kudeta tersebut kepada pemimpinnya Jenderal AH Nasution yang belakangan turut jadi korban dalam peristiwa G30S/PKI.
3. DN Aidit
Dugaan dalang berikutnya yang selama ini diketahui yakni PKI dalam hal ini DN Aidit sebagai pimpinan partai tersebut.
DN Aidit disebut pernah mengemukakan soal rencana mengkudeta Dewan Jenderal dalam sidang Polit Biro CC PKI yang digelar pada Agustus 1965.
Tujuan mengeliminasi Dewan Jendral utamanya adalah untuk melanggengkan paham komunis di Indonesia.
Hal itu seperti disebutkan dalam buku karya Nugroho Notosusanto dan Ismael Saleh bertajuk Tragedi Nasional Percobaan Kup G30S/PKI di Indonesia terbitan 1968.
4. Konflik di Tubuh Angkatan Darat
Dalam teori lainnya, dalang peristiwa G30S/PKI tak lain bermula dari adanya konflik kuasa di internal Angkatan Darat.
Menurut Harold Crouch dalam bukunya bertajuk Army and Politics in Indonesia menyebut suasana di tubuh Angkatan Darat sangat tak kondusif menjelang tahun 1965.
Matra militer terkuat di Indonesia kala itu mengalami perpecahan di internal dengan munculnya dua faksi yang sama-sama berseberangan dengan kebijakan politik Presiden Soekarno.
Dari sejumlah teori yang dimuat di lipi.go.id, disebutkan terdapat sejumlah perwira Angkatan Darat yang bersekongkol dengan anggota Biro Khusus PKI untuk menculik beberapa perwira tinggi yang diduga masuk dalam bagian Dewan Jenderal.
5. CIA
Dalam perkembangan selanjutnya, muncul teori yang menyebut bahwa dalang di balik peristiwa G30S/PKI adanya campur tangan dari agen rahasia milik Amerika Serikat yakni CIA.
Pada era 1960-an, dunia tengah dipengaruhi oleh dua ideologi besar yakni komunis dan demokrasi.
Gelombang itu kemudian turut memengaruhi konstelasi politik di Indonesia.
Disebutkan bahwa campur tangan CIA di Indonesia tak lain untuk menjaga ideologi politik yang dianut Amerika dan negara sekutu yang letaknya tak jauh dari Indonesia.