Rumah Sakit Fatmawati didirikan oleh Ibu Fatmawati Soekarno sebagai rumah sakit khusus penderita tuberkulosis (TBC) bagi pasien anak dan pusat rehabilitasinya.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia (RI) tertanggal 12 April 1961 fungsi rumah sakit ini berubah menjadi rumah sakit umum dengan penyelenggaraan, pembiayaan, dan pemeliharaan rumah sakit ditanggung penuh oleh Departemen Kesehatan RI.
Berdasarkan keputusan tersebut juga telah ditetapkan bahwa tanggal 15 April 1961 menjadi hari jadi rumah sakit. Namanya pun berubah menjadi Rumah Sakit Fatmawati pada 23 Mei 1967 diikuti dengan pemberian nama jalan Rumah Sakit Fatmawati.
Pada 22 Februari 1979, RS Fatmawati Jakarta menjadi Rumah Sakit Umum Pemerintah (RSUP) Kelas B dan pusat rujukan wilayah Jakarta Selatan. Adapun Rumah Sakit Fatmawati menjadi unit swadana tanpa syarat pada 1994.