Setelah pensiun bermain bulu tangkis di tahun 2000, Rexy Mainaky sempat menjadi pelatih di pelatnas dan melahirkan atlet-atlet Indonesia berpotensi, seperti Sony Dwi Kuncoro, Simon Santoso, dan Maria Kristin Yulianti.
Rexy lalu pindah menjadi pelatih di Inggris, lalu menjadi pelatih Malaysia pada 2005. Setelah meraih banyak kesuksesan sebagai pelatih di Malaysia, pada Januari 2017 Rexy Mainaky ditunjuk sebagai pelatih kepala bulu tangkis Thailand.
Setelah 4 tahun, Rexy akhirnya memutuskan berpisah dengan Thailand.
Kabar terbaru menyebutkan jika Rexy bergabung dengan Asosiasi Bulu Tangkis Malaysia (BAM).
Dilansir Kantor Berita Malaysia Bernama, Selasa (26/10/2021), Rexy Mainaky akan bertugas bersama Direktur Kepelatihan Wong Choong Hann untuk kemajuan sektor ganda Negeri Jiran di Akademi Bulu Tangkis Malaysia (ABM) di Bukit Kiara, Kuala Lumpur, mulai 1 Desember 2021.
[Penulis: Aditia Rizki]