Periode pemerintahan Kennedy di Amerika Serikat dimulai dengan pandangan bahwa kebijakan AS sebelumnya terhadap Indonesia telah salah langkah. Dukungan rahasia Eisenhower terhadap pemberontakan faksi militer di pulau-pulau terluar telah memicu ketidakpuasan pemerintah pusat di Jawa.
Meskipun administrasi Eisenhower mengakhiri dukungan tersembunyi terhadap pemberontak dan memandang Tentara Indonesia sebagai benteng terbaik melawan pengaruh Partai Komunis Indonesia (PKI) yang berkembang, hubungan dengan Presiden Soekarno tetap tegang.
Friksi utama dalam hubungan ini adalah eksistensi administrasi Eisenhower untuk tetap netral dalam perselisihan antara Indonesia dan Belanda terkait Papua Barat (disebut Irian Barat oleh Indonesia). Indonesia mengartikan ketidakmauan AS untuk mendukung klaim Soekarno terhadap wilayah kolonial Belanda Irian Barat sebagai dukungan terhadap kolonialisme Belanda.
Duta Besar AS untuk Indonesia, Howard P. Jones, hanya beberapa hari setelah pelantikan Presiden Kennedy, mengajukan rencana tujuh poin yang luas untuk mencegah Indonesia jatuh ke bawah kendali Komunis dan mendekatkannya pada dunia barat.
Beberapa poin kunci dalam rencananya adalah penyelesaian masalah Irian Barat di mana Indonesia menerima janji bahwa wilayah tersebut akan bersatu kembali dengan Indonesia. Hal yang sama pentingnya adalah terbentuknya hubungan personal antara Presiden Kennedy dan Soekarno.
Namun, kebijakan pro-Soekarno ini tidak tanpa kritik. Di Departemen Luar Negeri, Biro Urusan Eropa bersimpati pada pandangan Belanda bahwa aneksasi oleh Indonesia hanya akan menukar kolonialisme kulit putih dengan kolonialisme kulit coklat, dan ingin memberitahu Indonesia bahwa Amerika Serikat tidak akan menerima kekerasan sebagai solusi untuk sengketa tersebut.
Menteri Luar Negeri Dean Rusk mendukung hubungan yang lebih dekat antara Soekarno dan Kennedy, tetapi dia tidak yakin bahwa Amerika Serikat harus memaksa sekutu NATO-nya untuk melepaskan koloninya secara langsung kepada Indonesia. Intelijen Pusat menyiapkan pendekatan anti-Soekarno yang tajam.
Namun, ada kelompok di dalam Pemerintah AS yang sangat tertarik dengan pendekatan damai dengan Soekarno. Staf Gedung Putih dan Dewan Keamanan Nasional Robert Johnson dan Robert Komer serta Wakil Asisten Khusus Presiden untuk Urusan Keamanan Nasional Walt Rostow memulai tinjauan mereka sendiri terhadap kebijakan AS-Indonesia, dengan menggunakan nasihat para ahli akademis dan menyimpulkan bahwa kebijakan AS terhadap Indonesia perlu diubah.
Pada awal April 1961, Rusk mengajukan proposal kepada Presiden untuk mendukung pemerintahan amanah PBB untuk Irian Barat yang dikelola oleh Malaya. Namun, Kennedy masih skeptis.
Rusk lebih simpati pada Luns dalam percakapannya, mengusulkan bahwa Amerika Serikat masih menentang penggunaan kekerasan oleh Indonesia dan menganggap pemerintahan amanah yang mengarah pada penentuan nasib sendiri sebagai langkah terbaik untuk Irian Barat. Kelompok pro-Indonesia di Gedung Putih tidak senang, percaya bahwa solusi Rusk tidak akan menghindarkan krisis besar atas "Irian Barat."
Kunjungan Presiden Soekarno ke Washington pada akhir April 1961 menjadi titik fokus berikutnya. Departemen Luar Negeri dan pejabat Gedung Putih menyajikan Presiden dengan materi bimbingan yang luas yang merekomendasikan posisi yang mendukung pandangan mereka sendiri.
Ketika Presiden Kennedy bertemu dengan Soekarno, ia segera mengetahui bahwa Irian Barat adalah isu utama yang menghantui pikiran Soekarno. Kennedy mencoba semua argumen melawan aneksasi Indonesia, tetapi Soekarno menghindari mereka. Ketika Presiden membahas masalah pemerintahan amanah, Soekarno menjawab, "kita bersedia meminjam tangan PBB untuk mentransfer wilayah tersebut ke Indonesia."
Sebagai hasil dari percakapan ini, Departemen Luar Negeri dan Gedung Putih bergabung dalam upaya bersama untuk menyelesaikan sengketa Irian Barat sebelum berujung pada perang regional. Mereka mencoba merapatkan jurang antara keinginan Belanda untuk pemerintahan amanah yang menjamin penentuan nasib sendiri bagi penduduk Irian Barat dan tuntutan Indonesia bahwa pemerintahan amanah hanya berfungsi sebagai tahap interim menuju administrasi Indonesia.
Departemen Luar Negeri mengusulkan untuk meninggalkan disposisi akhir wilayah tersebut terbuka. Sebagai bagian dari proses ini, Departemen juga mendorong Belanda dan Indonesia untuk mengadakan negosiasi bilateral rahasia.
Setelah berkonsultasi dengan Belanda pada Juni 1961, Departemen Luar Negeri sepakat bahwa Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) adalah satu-satunya cara praktis untuk menyelesaikan masalah ini. Ketika masalah ini diajukan kepada Indonesia, menjadi jelas bahwa Indonesia memerlukan jaminan bahwa "internasionalisasi" masalah melalui PBB akan berakhir dengan kontrol Indonesia.
