Infografis
Terakhir adalah tahap Operasional Komersial/Pelayanan, yaitu KA Bandara ini beroperasi melayani masyarakat dengan berbayar. Direncanakan untuk tahap awal akan terdapat 30 perjalanan KA per hari dengan waktu perjalanan 39 menit. PT. KAI selaku Operator kereta api akan menyiapkan 4 trainset dengan sistem untuk operasi, perawatan dan cadangan.
KA Bandara ini nanti akan berhenti di tiga stasiun pelayanan yaitu Stasiun Tugu Yogya, Stasiun Wates dan Stasiun KA Bandara YIA dengan head way rata rata 60 menit. Apabila kondisi penerbangan sudah normal maka frekuensi akan ditingkatkan bertahap sampai 56 perjalanan dengan headway rata rata 30 menit.
