Urutan klub yang berhak mendapatkan jatah ke turnamen berdasarkan aturan AFC itu adalah: 9.1.1 Klub Juara Liga domestik, 9.1.2 Juara piala domestik, 9.1.3 Runner up liga domestik, dan 9.1.4 Peringkat tiga liga domestik.
Apabila menggunakan skema sesuai regulasi, maka yang menemani Bali United di Piala AFC 2021 adalah Persipura Jayapura selaku peringkat ketiga Liga 1 2019.
Memang terdapat nama PSM Makassar dan Persebaya Surabaya. PSM adalah juara Piala Indonesia, sementara Persebaya adalah runner-up Liga 1 2019.
Sayangnya, kedua klub tersebut tak lolos lisensi AFC. Terkait protes yang dilayangkan Persipura, hingga kini belum ada respons dari PSSI.