Setelah kembali ke Sevilla, de la Fuente kembali ke Athletic. Awalnya seorang manajer cadangan, ia juga bertindak sebagai delegasi pertandingan selama dua tahun[10] sebelum kembali ke tugas sebelumnya.
Pada 13 Juli 2011, de la Fuente ditunjuk sebagai pelatih Alavés, dipecat pada 17 Oktober.
Pada tanggal 5 Mei 2013 ia ditunjuk memimpin tim Spanyol U-19, yang memenangkan Kejuaraan Eropa UEFA 2015 di Yunani.
De la Fuente menjadi manajer tim U-21 pada Juli 2018, setelah Albert Celades mengundurkan diri.
Kompetisi pertamanya adalah Kejuaraan Eropa 2019 di Italia, ditaklukkan setelah kekalahan terakhir 1-0 dari Jerman di Udine.
Pada 8 Juni 2021, de la Fuente dan timnya mengisi sebagai tim senior Spanyol untuk pertandingan pemanasan UEFA Euro 2020 melawan Lituania, setelah skuad tersebut diisolasi ketika Sergio Busquets dinyatakan positif COVID-19. Mereka menang 4-0 di Leganés.
De la Fuente juga bertanggung jawab atas tim Olimpiade Spanyol pada pertandingan 2020 yang tertunda di Jepang.
Pihaknya memenangkan medali perak, kalah 2-1 dari Brasil di final.