Pada tahun 1989 Hijriah, pendidikan di kembangkan dengan sistem formal Ula, Wustho, Ulya dan Ma’had Ali.
Lalu pada tahun 1999-2000 lembaga ini menambah materi pendidikan dengan mengikuti kurikulum Departemen Agama (DEPAG), dengan membuka kegiatan belajar mengajar (KBM) mulai jenjang Madrasah Ibtidaiyah (MI), Madrasah Tsnawiyah (MTs) dan Madrasah Aliyah (MA).
Selanjutnya pada tahun 1423 Hijriah atau 2002 Masehi, pesantren ini membuka program Tahfidz AL- Quran putra, menyusul program tahfidz AL-Quran putri pada tahun 2006.