Setelah pensiun sebagai pemain, ia menjadi asisten pelatih di Go Ahead Eagels. Kemudian sempat melatih Go Ahead, Sparta Rotterdam, NAC Breda, Vitesse. Ia pada musim 2006/2007 ditunjuk menjadi pelatih Ajax.
Pada Oktober 2007, Ten Cate menjadi asisten pelatih Avram Grant di Chelsea dan memilih mundur setelah kekalahan The Blues di final Liga Champions 2008.
Pada 2010, ia mencoba peruntungan dengan melatih klub di Asia. Ia menjadi pelatih Al Ahli di UEA. Dua tahun kemudian, tan Cate menjadi pelatih di Shandong Luneng Taishan.
Henk ten Cate pada 2017 sempat dirumorkan menjadi pelatih Belanda, namun tawaran itu ia tolak. Ia mengaku lebih suka jabatan itu diemban oelh Dick Advocaat.
Yang menarik, sama dengan Kluivert, ten Cate juga sempat melatih timnas Suriname. Pada Mei 2023, ia ditunjuk menjadi asisten Aron Winter di Suriname.
