4. PSM Madiun
Nasib yang amat nahas dialami oleh klub legendaris salah satu pendiri PSSI, PSM Madiun. Mereka pontang-panting menghadapi kasta ketiga dan kini harus terdepak ke kasta keempat pada musim depan.
5. 757 Kepri Jaya
Kepri Jaya dipastikan terdegradasi dari kasta keempat setelah gagal bersaing pada babak degradasi PNM Liga Nusantara 2024/2025/
6. Kalteng Putra
Kalteng Putra, klub yang dalam beberapa musim ini pernah berkompetisi di kasta tertinggi, dipastikan turun kasta karena memutuskan mundur dari awal kompetisi PNM Liga Nusantara 2024/2025.
7. Sulut United
Sama seperti klub sebelumnya, Sulut United sudah memastikan untuk mengundurkan diri sejak awal kompetisi.
8. Persipani
Baca Juga: Australia Juara Piala Asia U-20, Indonesia Harusnya Tertampar dengan Kenyataan Ini
Persipani Paniai dinyatakan terdegradasi karena mereka didiskualifikasi pada pekan ke-4. Persipani telah diputuskan walk-out (WO) sebanyak tiga kali karena alasan kesulitan mencari penerbangan.