Edisi perdana Liga Indonesia musim 1994-1995 berhasil dimenangkan oleh Persib Bandung.
Keberhasilan ini menjadi tonggak awal dari era baru sepak bola Indonesia yang menyatukan seluruh kekuatan dari berbagai daerah.
Format awal Liga Indonesia mengadopsi elemen dari kedua kompetisi pendahulunya. Sistem babak grup seperti di Perserikatan digabungkan dengan putaran semifinal dan final yang biasa digunakan di Galatama.
Seiring berjalannya waktu, kompetisi terus berevolusi untuk mencapai standar profesionalisme yang lebih tinggi.
Tonggak perubahan berikutnya terjadi pada tahun 2008 dengan diluncurkannya Indonesia Super League (ISL).
ISL dirancang sebagai kompetisi profesional tingkat pertama dalam sistem liga sepak bola Indonesia.
Musim perdananya diikuti oleh 18 klub pendiri yang lolos verifikasi, menandai era modern kompetisi sepak bola tanah air.

Namun, perjalanan liga profesional tidak selalu mulus dan sempat diwarnai oleh konflik internal di tubuh PSSI.
Puncak dari permasalahan ini terjadi sekitar tahun 2011, yang kemudian melahirkan sebuah era yang dikenal sebagai dualisme kompetisi.
Konflik ini menyebabkan terpecahnya kompetisi menjadi dua liga terpisah yang sama-sama mengklaim sebagai yang paling sah.
Ada Indonesia Super League (ISL) yang terus berjalan, dan muncul pula Liga Primer Indonesia (IPL) sebagai kompetisi tandingan.
Era dualisme ini menjadi salah satu periode paling kelam dalam sejarah sepak bola Indonesia.
Ketidakpastian dan perselisihan membuat kompetisi berjalan tidak kondusif dan membingungkan banyak pihak.
Setelah melalui kongres luar biasa PSSI pada Maret 2013, akhirnya dicapai kesepakatan untuk mengakhiri dualisme.
Indonesia Super League kembali ditetapkan sebagai satu-satunya kompetisi tingkat atas, dengan mengakomodasi beberapa tim terbaik dari IPL.