Kontrak politik terakhir antara Kesultanan Yogyakarta dan Belanda tercantum dalam Staatsblad 1941 Nomor 47.
Selain Belanda, pada masa penjajahan Jepang, Yogyakarta juga telah diakui sebagai Daerah Istimewa yang disebut dengan Koti atau Kooti.
Sedangkan pasca kemerdekaan pada 17 Agustus 1945, Kesultanan Yogyakarta menyatakan diri bergabung dengan Indonesia dan status keistimewaannya yang telah disematkan sejak masa penjajahan dibahas dalam sidang PPKI pada 19 Agustus 1945.
Atas dasar faktor sejarah dan ketersediaan dalam bergabung dengan Indonesia, Presiden RI Ir. Soekarno memberikan Piagam Penetapan yang mengesahkan Yogyakarta sebagai Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY).
Status keistimewaan tersebut juga diperkuat dalam Undang-undang Dasar 1945 pasal 18 dan berdasarkan putusan Mahkamah Agung tentang Undang-undang Nomor 32 Tahun 2004.
Penetapan Yogyakarta sebagai daerah otonom dengan status keistimewaannya itu juga kembali diperkuat dalam Undang-undang Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan DIY.
