Setelah itu selesai, kemudian beliau kembali ke kampungnya, mengamalkan ilmu yang sudah beliau dapat. Kemudian pada tahun 1950, beliau berangkat ke Mekkah bersama kakeknya sendiri, yaitu KH. Ahmad bin Syu’aib untuk belajar dengan ulama di Mekkah.
Sekembali ke Indonesia tahun 1952, Mbah Moen melanjutkan belajar ke beberapa ulama di tanah Jawa. Guru-guru beliau adalah Kiai Baidhowi, Kiai Ma’shum Lasem, Kiai Bisri Musthofa (Rembang), Kiai Wahab Chasbullah, Kiai Muslih Mranggen(Demak).
Pada 1965, Mbah Moen kemudian mendirikan Pesantren Al-Anwar di Sarang, Rembang.
KH. Maimoen Zubair wafat di Mekah, Arab Saudi, pada hari Selasa, 6 Agustus 2019 pagi, dalam rangka merayakan ibadah haji. Beliau tutup usia pada dalam umur 90 tahun.
