2. Ciliata
Ciliata menggunakan silia atau rambut getar sebagai alat geraknya. Silia terdapat di seluruh permukaan sel dan berfungsi sebagai alat bantu untuk menggerakkan makanan ke sitostoma (mulut pada sel). Ciliata dapat hidup di perairan air tawar maupun air asin.
Contoh dari kelompok ciliata antara lain, Paramecium caudatum, Stentor roeseli, Didinium, juga Vorticella.
3. Flagellata
Jika kelompok ciliata bergerak dengan menggunakan silia, maka kelompok flagellata bergerak dengan menggunakan flagel atau bulu cambuk. Flagela merupakan tonjolan pada sel yang berbentuk panjang sehingga mirip dengan cambuk. Anggota flagelata dapat memiliki hanya satu atau beberapa flagela sekaligus.
4. Sporozoa (Apicomplexa)
Sporozoa adalah protozoa yang tidak memiliki alat gerak. Semua jenis sporozoa hidup sebagai parasit di tubuh hewan dan manusia. Sporozoa mengandung organel kompleks yang membantunya dapat menempel pada inangnya. Salah satu contoh sporozoa adalah Plasmodium sp. yang merupakan penyebab penyakit malaria pada manusia.