Bermula pada tahun 2005 di mana Muktamar PKB Semarang menentukan bahwa Muhaimin Iskandar atau Cak Imin menjadi Ketua Umum PKB. Sementara Gus Dur duduk menjadi Ketua Dewan Syura.
Menjelang tahun 2009, partai itu bergejolak menjadi dua kubu. Hal ini berawal dari Cak Imin yang dicopot jabatannya karena dianggap 'bermain-main' dengan 'istana' pada era pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono alias SBY.
"Dua atau tiga hari kemudian ternyata perlawanan dari mas Muahaimin dia melakukan juga muktamar luar biasa di hotel," ujar mantan ajudan Gus Dur Priyo Sambadha dalam kanal YouTube Total Politik.
"Sehingga di situ [MLB tandingan] diputuskan ketua umumnya Muhaimin Iskandar, nama Gus Dur tidak ada," tambahnya.
Pemerintah kala itu menurut Priyo memutuskan untuk mengakui PKB versi MLB Cak Imin.
"Beberapa saat kemudian hasil muktamar Ancol didaftarkan ke kemenkumham dan hebatnya, anehnya oleh Kemenkumham waktu itu usulan dari Muhaimin dan kawan-kawan disahkan, di mana ketua umumnya Muhaimin Iskandar," imbuhnya.
"Itu disahkan kemenkumham pemerintahan saat itu. Buat kami itu suatu hal yang sangat tidak bisa diterima oleh akal, tapi begitulah adanya sehingga Gus Dur tersingkir," katanya lagi.
