Meskipun sukses, Gibran Huzaifah juga terlibat dalam kontroversi terkait dugaan manipulasi laporan keuangan eFishery.
Pada akhir tahun 2024, ia dicopot dari jabatannya sebagai CEO setelah terungkapnya indikasi penggelapan pendapatan perusahaan. Kasus ini menyebabkan sorotan tajam dari berbagai pihak dan investigasi lebih lanjut.