Pada periode 2001 - 2003, Doni Monardo ditugaskan ke Paspampres. Kemudian, selama setahun ia dipindahkan ke Kolakops TNI, sebelum pada 2004 kembali ke Paspampres.
Nama Doni Monardo semakin disorot ketika ditugaskan Presiden SBY menjadi Wakil Komando Satuan Tugas untuk pembebasan kapal MV Sinar Kudus yang dibajak oleh perompak Somalia.
Karier Doni Monardo sendiri banyak dihabiskan di sekitar Paspampres dan Kopassus.
Pada 2012 - 2014 ia bertugas sebagai Komandan Paspampres, kemudian diangkat sebagai Wakil Komandan Jenderal Kopassus pada 2014 dan menjabat sebagai Danjen Kopassus pada 2014 - 2015.
Setelah itu, ia menghabiskan puncak kariernya di TNI AD sebagai Pangdam Pattimura hingga 2017 dan Pangdam Siliwangi pada 2017-2018.
Memasuki 2018 Doni Monardo berhenti dari dunia militer. Dia mengemban tugas sebagai Sekretaris Jenderal Wantannas mulai dari 2018-2019. Setelah itu, ia menjabat sebagai Kepala BNPB lalu Ketua Gugus Tugas Percepatan COVID-19 di bulan Maret 2020.
Doni Monardo menikah pada 1992 dengan Santi Ariviani dan dikaruniai 3 orang anak.
