Setelah memimpin KRI Nanggala, Ali dipercaya menjabat Pasops Satuan Kapal Selam (Satsel) Koarmatim (2006) dan Pabandya Renstra Paban I Renstra Srena Kasal (2006 hingga 2009).
Karier Ali pun terus merangkak naik, dengan pangkat kolonel, menjabat sebagai Asisten Operasi Komandan Pangkalan Utama (Asops Danlantamal) VI Makassar (2009 hingga 2010), Komandan Satuan Kapal Selam (Dansatsel) Koarmatim (Koarmada II, sekarang) pada 2010 hingga 2011, Komandan Pangkalan (Danlanal) Dumai (2011 hingga 2012).
Ali pun pernah menjabat sebagai ajudan Wapres RI Boediono selama dua tahun, yakni Tahun 2012-2014.
Dengan pangkat sebagai laksamana pertama, Ali menjabat sebagai Pati Sahli Kasal Bidang Ekojemen (2015), staf khusus Kasal (2015), Komandan Guskamlabar (2015 hingga 2017) dan Waasrena Kasal (2017 hingga 2018).
Selanjutnya saat berpangkat laksamana muda, Ali dipercaya menjadi Gubernur AAL pada 2018-2019, Koorsahli Kasal pada 2019, Panglima Komando Armada I pada 2019 hingga 2020, dan Asrena Kasal pada 2020 hingga 2021.
Setelah itu, Ali mendapat promosi menjadi perwira tinggi bintang tiga dengan menjabat sebagai Pangkogabwilhan I ketiga pada 2021 hingga 27 Desember 2022.
Tidak hanya moncer di karier militernya, Ali juga pernah menjalani sejumlah pendidikan militer, antara lain Dikpasiswa angkatan ke-2 (1990), Dikcawak Kasel (1990-1991), Kursus Ausbildung Waffengerat U Boote 206 (kapal selam U-206 di Jerman tahun 1997).
Kemudian pendidikan Internasional PWO di Inggris (1998), International Submarine Warfare di Inggris (1999), Diklapa II Koum angkatan ke-14 (2000), Sustekdikpa TNI AL (2001), Seskoal angkatan ke-40 (2003), Sus Danlanal TNI AL (2004), hingga Lemhannas PPSA angkatan XXI (2017).
Selain itu, Muhammad Ali juga pernah menuntaskan pendidikan umum S1 ekonomi dan S2 manajemen. Tak hanya itu, dia juga aktif mengikuti seminar nasional dan simposium di mancanegara, seperti Singapura, Amerika Serikat, Korea Selatan, dan lainnya.
Baca Juga: Presiden Jokowi Disebut Tak Peka dalam Siapkan Calon Pimpinan TNI, Pakar Beberkan Bukti Ini
Muhammad Ali juga banyak memperoleh tanda jasa, antara lain, Bintang Yudha Dharma Nararya, Bintang Jalasena Nararya, Satyalancana Kesetiaan 24 Tahun, Satyalancana Kesetiaan 16 Tahun, Satyalancana Kesetiaan 8 Tahun, Satyalancana Dwidya Sistha, Satyalancana Dharma Nusa, Satyalancana Wira Dharma, dan Satyalancana Kebhaktian Sosial.
