Menurut Argo, penetapan Sofyan Jacob sebagai tersangka kasus dugaan makar setelah dilakukan gelar perkara oleh tim penyidik Polda Metro Jaya.
Saat menjabat sebagai Kapolda Metro Jaya, Sofyan Jacob mendapatkan perintah untuk menangkap Tommy Soeharto dalam waktu 3x24 jam.
Misi tersebut sukses dilakukan dengan mengerahkan Tim Kobra yang dipimpin oleh Kasat Serse Umum Polda Metro Jaya Tito Karnavian yang saat itu berpangkat AKBP.
Namun, karier Sofyan Jacob ternyata tak berjalan mulus. Presiden Abdurrahman Wahid atau Gus Dur saat itu memerintahkan Menteri Koordinator Bidang Politik, Sosial dan Keamanan Menko Polsoskam) Agum Gumelar untuk menangkap Sofyan Jacob dan Kapolri nonaktif Jenderal Surojo Bimantoro.
Sofyan Jacob dan Surojo Bimantoro dianggap telah melakukan tindakan melawan perintah atasan atau insubordinasi.
Meski demikian, hal tersebut dibantah oleh Sofyan Jacob. Ia menantang untuk membuktikan tindakan insubordinasi yang dimaksud.
Pada 18 Desember 201, Sofyan Jacob diberhentikan dari jabatannya sebagai Kapolda Metro Jaya.
Setelah Gus Dur lengser dari jabatannya sebagai presiden, Megawati Soekarnoputri yang menggantikannya, mengeluarkan surat keputusan pensiun kepada 64 perwira Polri, salah satunya adalah Sofyan Jacob.
Sofyan Jacob tak terima dengan keputusan tersebut lantaran dinilai bertentangan dengan Undang Undang Nomor 2 Tahun 2002 yang menyebutkan anggota Polri pensiun berumur 58 tahun, sementara saat itu Sofyan Jacob baru berusia 55 tahun.
Baca Juga: Eks Tim Mawar Dalang Rusuh 22 Mei? Menhan: Jangan Kaitkan TNI dengan Makar
Sofyan Jacob menggugat Megawati dan Kapolri Dai Bakctiar ke PTUN. Hasil gugatan, Sofyan Jacob menang di tingkat banding. Namun belakangan ia mencabut gugatannya dengan alasan telah ikhlas.
