Meski demikian, akhirnya Munir menerima tawaran Pollycarpus. Ia duduk di kursi 3 K kelas bisnis. Adapun pesawat Garuda yang ditumpangi Munir berangkat pukul 21.55 dari Jakarta ke Singapura untuk transit.
Selama perjalanan itu, Munir sempat makan dan minum hidangan selama penerbangan. Mulai dari juice jeruk dan mie serta irisan buah segar.
Pesawat yang ditumpangi Munir itu akhirnya transit di bandara Changi, Singapura pada hari Selasa pukul 00.40 waktu setempat.
Pesawat transit selama satu jam sepuluh menit, sebelum akhirnya melanjutkan perjalanan ke Amsterdam pada pukul 01.50 waktu setempat. Pesawat itu dijadwalkan tiba di Amsterdam 7 September 2004, pukul 08.10 waktu Amsterdam.
Mulai merasakan sakit
Dalam perjalanan dari Singapura menuju Amsterdam, Munir duduk di kelas ekonomi 40 G. Setelah 40 menit take off, Munir tampak menuju ke toilet. Ia juga mendatangi pramugara Bondan Hernawa dua jam kemudian dan menyampaikan dirinya merasa sakit.
Munir pun menyampaikan ingin dipertemukan dengan dokter Tarmizi yang duduk di kelas bisnis. Ia lantas menyerahkan kartu nama sang dokter ke pramugara.
Munir sendiri sebelumnya berkenalan dengan Tarmizi sendiri di bandara Changi. Tarmizi adalah seorang dokter spesialis bedah toraks kardiovaskular yang kebetulan berada satu pesawat dengan Munir.
Kartu nama itu lantas dibawa Bondan Hernawa dan Madjib Nasution selaku Puser, yang mendatangi dokter Tarmizi yang duduk di kursi 1J.
Namun karena dokter Tarmizi tidur pulas, Madjib meminta Munir untuk membangunkan dokter Tarmizi. Setelah bertemu dengan dokter Tarmizi, Munir menyampaikan bahwa ia telah muntah dan buang air besar sebanyak 6 kali.