Pada Pemilu 2014, ia mencalonkan diri sebagai anggota DPR RI dari dapil Jawa Tengah X tetapi gagal. Namun, setelah Hanif Dhakiri dilantik sebagai Menteri Tenaga Kerja, Gus Yaqut menggantikannya sebagai anggota DPR RI periode 2014–2019 dan kembali terpilih untuk periode 2019–2024.
Gus Yaqut terpilih secara aklamasi sebagai Ketua Umum Gerakan Pemuda Ansor 2015–2020. Dukungan dari pimpinan cabang dan wilayah GP Ansor menguatkan posisinya sebagai calon tunggal. Selama Pilkada Gubernur DKI Jakarta 2017, Gus Yaqut mendukung Basuki Tjahaja Purnama dan dalam Pemilu Presiden Indonesia 2019, ia mendukung Joko Widodo. Pada September 2019, Gus Yaqut bertemu Paus Fransiskus di Vatikan untuk menyatakan dukungan terhadap Dokumen Persaudaraan Manusia.
Menteri Kontroversi
Pada 22 Desember 2020, Gus Yaqut ditunjuk sebagai Menteri Agama dalam Kabinet Indonesia Maju oleh Presiden Joko Widodo, mengejutkan banyak analis politik. Setelah dilantik pada 23 Desember, Gus Yaqut justru membuat kontroversi. Ia berkomitmen melindungi hak komunitas Syiah dan Ahmadiyah yang mengalami persekusi di Indonesia, serta mencegah penyebaran populisme Islam.
Pada Februari 2022, Gus Yaqut digugat oleh Alamsyah Hanafiah terkait pernyataannya yang membandingkan suara pengeras suara masjid dengan gonggongan anjing, dalam konteks Surat Edaran Nomor 5 tahun 2022 tentang penggunaan pengeras suara di masjid dan musala.
Pernyataannya juga memicu kritik dari Noval Assegaf terkait komentar sebelumnya mengenai hak LGBT. Kontroversi ini menjadi bagian dari dinamika dalam jabatannya yang dianggap penuh kontroversi.