Ia juga sempat menjabat sebagai Rektor Universitas Muhadi Setiabudi di Brebes, namun mengundurkan diri sebelum genap satu tahun menjabat.
Qomar kembali mencalonkan diri sebagai wakil bupati Cirebon pada Pilbup 2018 bersama Muhammad Lutfi dengan dukungan PKB dan NasDem. Namun, pasangan ini kalah dari petahana.
Dipenjara
Akan tetapi Nurul Qomar juga pernah mengalami masa kelam yakni dipenjara.
Ia sempat dijebloskan ke sel tahanan Lapas Brebes pada 19 Agustus 2020 karena diduga memalsukan ijazah S2 dan S3, yang digunakan sebagai syarat untuk mencalonkan diri sebagai Rektor Universitas Muhadi Setiabudi (Umus). Mantan anggota DPR RI ini ditahan atas kasus pemalsuan ijazah tersebut.
