Salah satu modus yang terungkap dalam kasus ini adalah praktik pengoplosan BBM. BBM berkualitas tinggi seperti Pertamax (RON 92) yang diimpor, digantikan dengan BBM berkualitas lebih rendah, yaitu RON 90 (Pertalite). Campuran ini kemudian diproses ulang agar menyerupai Pertamax dan dijual dengan harga lebih tinggi.
Abdul Qohar, Direktur Penyidikan Jaksa Agung Muda Bidang Tindak Pidana Khusus Kejaksaan Agung, mengungkapkan bahwa praktik ini terjadi akibat manipulasi produksi kilang dalam negeri yang disengaja. Tiga direktur Sub Holding Pertamina diduga sengaja menurunkan produksi kilang, sehingga pasokan minyak bumi dalam negeri tidak optimal dan kebutuhan BBM harus dipenuhi melalui impor.
"BBM impor yang seharusnya memiliki kualitas RON 92 ternyata diganti dengan BBM berkualitas lebih rendah, yaitu RON 90. Mereka kemudian melakukan pencampuran di depo agar BBM tersebut terlihat seperti memenuhi standar RON 92,” jelas Qohar.
Beberapa tersangka dalam kasus ini antara lain Direktur Utama PT Pertamina Patra Niaga, Riva Siahaan; Direktur Optimasi Feedstock & Produk PT Kilang Pertamina Internasional (KPI), Sani Dinar Saifuddin; serta Vice President (VP) Feedstock Management PT KPI, Agus Purwono. Selain itu, Direktur PT Pertamina Internasional Shipping, Yoki Firnandi, juga diduga terlibat dalam skema ini.