Merujuk manual book, urutan klub yang berhak mendapatkan jatah ke turnamen berdasarkan aturan AFC itu adalah: 9.1.1 Klub Juara Liga domestik, 9.1.2 Juara piala domestik, 9.1.3 Runner-up liga domestik, dan 9.1.4 Peringkat tiga liga domestik.
Secara matematis, PSM Makassar yang menjadi jawara Piala Indonesia 2018/2019 berhak menemani Bali United ke Piala AFC 2021. Namun hak mereka gugur lantaran tidak lolos lisensi AFC.
Kondisi itu membuat satu slot ke Piala AFC seharusnya diberikan kepada Persebaya Surabaya selaku runner-up Liga 1 2019. Tapi sama halnya dengan PSM, tim asal Jawa Timur itu tak lolos lisensi AFC.
Situasi tersebut membuat satu slot Piala AFC 2021 harusnya diberikan kepada peringkat ketiga kompetisi, dalam hal ini Persipura Jayapura.