Usai sukses di Persik, Danilo kembali melanjutkan perjalanannya di sepak bola Indonesia. Dia beberapa kali pindah tim mulai dari Deltras Sidoarjo, Persisam Putra Samarinda, hingga akhirnya pensiun pada 2014 usai berkarier di Pusamania Borneo.
Alih-alih menjadi pelatih setelah pensiun, Danilo memilih mengecap manajemen tim saat masih berada di Borneo pada 2014 dengan menjabat Direktur Teknik.
Kemudian pada 2018, Danilo Fernando diperkenalkan sebagai manajer tim PSS Sleman yang saat itu berkompetisi di Liga 2 2018.
Kontributor: Aditia Rizki