Setelah itu, Alfredo Vera bergeser ke kasta kedua untuk menangani Persebaya Surabaya di Liga 2 2017. Ia mendapat target untuk membawa Persebaya promosi ke kasta tertinggi.
Hasilnya cukup memuaskan, ia sukses membawa tim Bajul Ijo bermain di Liga 1 2018 setelah menjuarai Liga 2 2017.
Sejak saat itu, Alfredo Vera sempat berpindah-pindah klub untuk menangani Sriwijaya FC (2018), Bhayangkara FC (2019), Persiba Balikpapan (2020-2021), hingga terakhir mengasuh Persipura (2021-2022).
Kontributor: Muh Adif Setiawan
