Setelah pensiun pada 2001, Nishigaya mengabdi di almamaternya dengan menjadi asisten pelatih di Universitas Tsukuba.
Nishigaya lalu menjadi pelatih tim junior Tokyo Verdy pada 2004 hingga 2009. Dia melanjutkan karier kepelatihannya dengan menjadi manajer Universitas Meiji, lalu menjadi asisten manajer Albirex Niigata.
Pada 2013 dia sempat melatih Mito HollyHock, lalu pindah ke SC Sagamihara, dan menjadi pelatih Yamaga U18, hingga terakhir menukangi Matsumoto Yama pada 2020 hingga Juni 2021.
Pada April 2022, Takayuki Nishigaya ditunjuk menjadi pelatih Timnas Singapura. Ini menjadi kali pertama baginya berkarier di luar Jepang, sekaligus menangani tim nasional.
Kontributor: Aditia Rizki
