Eksel Runtukahu memulai kariernya dengan menimba ilmu di SSB Timou Tou saat usianya 13 tahun, sebelum mengawali karier profesionalnya bersama Persmin Minahasa yang saat itu bermain di kompetisi Liga 3.
Pada tahun 2017 Runtukahu mencoba berkarier ke luar daerah kelahirannya dengan bermain untuk Kalteng Putra di kompetisi Liga 2.
Di musim kompetisi 2018, ia turut serta membawa Kalteng Putra promosi ke Liga 1 setelah mengalahkan Persita Tangerang pada perebutan tempat ke-3.
Pada Tahun 2019, Runtukahu kembali ke Sulawesi Utara untuk membela Sulut United di kompetisi Liga 2. Saat itu total dia mencetak 8 gol dalam 28 pertandingan.