Sebelum mengikat tali pernikahan, Nafa dan Zack Lee mengalami hubungan pacaran putus sambung selama satu tahun.
Mereka pun memutuskan bertunangan di sebuah kafe di Menteng, Jakarta Pusat, pada 19 Desember 2004. Atas nama cinta, Nafa juga bersedia pindah agama menjadi seorang Kristiani, agama yang dianut Zack Lee.
Selama tunangan, cobaan datang ketika Zack Lee bermasalah dengan hukum. Dia berkelahi dengan adik Wulan Guritno, Danar Doyo Guritno, di kafe di Taman Ria Senayan.
Meskipun Zack tak diproses hukum, Nafa akhirnya perlahan mundur dari dunia hiburan. Dia pun menjadi orang yang lebih religius, kompak dengan Zack Lee.
Tiga tahun berikutnya, Nafa mantap menikahi Zack Lee dalam sebuah pemberkatan di Gereja Emmanuel. Setelah berstatus istri, nama besar Nafa semakin tenggelam karena dia memilih banyak pelayanan di gereja.
Tiga tahun menikah, Nafa akhirnya mengandung anak pertama. Hingga anak yang diberi nama Mikhaela Lee Jowono lahir pada 8 Februari 2011.
Rumah tangga mereka memang jarang diberitakan ada riak-riak yang berujung pada kehancuran. Namun, sebuah video mesra Zack Lee dan Nikita Mirzani di klub malam La Favela, Seminyak, Bali, pada bulan Oktober 2016 muncul.
Nikita sendiri yang mengunggah video tersebut di akun Snapchat pribadinya. Tak butuh lama langsung tersebar lewat akun gosip.
Dari fakta itu, Nafa akhirnya mengakui bahwa suaminya itu memang sedang bermasalah.
Meskipun, Nafa akhirnya mau memaklumi perbuatan Zack Lee dan sampai mengunggah foto bertiga bersama Mika dengan pose romantis. Foto itu seperti ingin memberi pesan kepada publik bahwa mereka telah berdamai.
Namun, Nafa tiba-tiba diketahui telah mendaftarkan gugatan cerai kepada Zack Lee pada 19 September 2017, setelah mengarungi 10 tahun biduk rumah tangga.