Umumnya, fraksi janin harus di atas 4 persen yang biasanya terjadi sekitar minggu kesepuluh kehamilan. Fraksi janin yang rendah dapat menyebabkan ketidakmampuan untuk melakukan tes atau hasil negatif palsu.
Penyebab lain fraksi janin rendah termasuk pengujian terlalu dini pada kehamilan, kesalahan pengambilan sampel, obesitas ibu, dan kelainan janin.
Ada beberapa metode NIPT untuk menganalisis cfDNA janin. Dalam menentukan aneuploidi kromosom, metode yang paling umum adalah menghitung semua fragmen cfDNA.
Jika persentase fragmen cfDNA dari setiap kromosom sesuai dengan yang diharapkan, maka janin memiliki risiko yang lebih rendah untuk mengalami hasil tes negatif.
Jika persentase fragmen cfDNA dari kromosom tertentu lebih dari yang diharapkan, maka janin memiliki kemungkinan lebih besar untuk mengalami kondisi trisomy atau hasil tes positif.