Abu Bakar juga melanjutkan studinya ke Fakultas Dakwah Universitas Al-Irsyad, Solo, Jawa Tengah.
Tercatat, Abu Bakar juga aktif dalam Himpunan Mahasiswa Islam Solo.
Terjerat terorisme hingga dijebloskan ke penjara
Lambat laun, Abu Bakar Ba'asyir menolak konsep demokrasi, ideologi Pancasila, hingga terlibat dalam aksi terorisme.
Adapun Abu Bakar Ba'asyir dituduh telah menghasut publik untuk menolak asas tunggal Pancasila. Ia juga menyuarakan bahwa hormat kepada Bendera Merah Putih adalah tindakan syirik.
Ia akhirnya ditangkap bersama dengan sosok dedengkot Jamaah Islamiyah, Abdullah Sungkar paada 1983 silam.
Pengadilan akhirnya memberikan izin bagi Abu Bakar untuk menempuh tahanan rumah. Sayangnya, ia memanfaatkan tahanan rumah untuk kabur ke Malaysia.
Kala ia berdakwah di Malaysia, Amerika Serikat memasukan Abu Bakar Ba'asyir dalam daftar teroris pada 1985.
Abu Bakar akhirnya kembali ke tanah air dan terlibat dalam Majelis Mujahidin Indonesia (MMI) sekaligus Jamaah Islamiyah.
Sebagai informasi, Jamaah Islamiyah adalah jaringan teroris yang terlibat dalam serangkaian serangan bom yakni Bom Bali 2002 yang disusul oleh Bom Bali 2005.