Meletusnya Peristiwa Gerakan 30 September 1965 (Gestapu) membuat PKI semakin terpojok di kancah politik nasional tak terkecuali organisasi pendukungnya termasuk PGRI NonVaksentral. Para anggota PGRI NonVaksentral diburu lalu dibunuh.
Di daerah Boyolali menjadi salah satu tempat pembantaian para anggota dan simpatisan PKI. Sekitar 250 orang dibunuh secara massal termasuk anggota PGRI Nonvaksentral yang merupakan guru SD.
Penulis sejarah, Muhiddin M Dahlan menggambarkan pembantaian terhadap para guru PGRI NonVaksentral sebagai tahun-tahun gelap hidup guru-guru sekolah mengalami penghinaan yang tiada tara.
"Mereka yang membangun aliansi sebagai guru sekolah yang progresif di luar vak yang digariskan PGRI diciduk, dipenjara/dibuang, dan bahkan ribuan jiwa dibunuh dalam operasi malam yang menakutkan. Sungguh di luar persangkaan si guru bagaimana politik merampas habis hidup mereka," tulis Muhiddin dalam artikelnya berjudul "Guru Non-Vaksentral".