“Terus pada tanggal 4 September 1996, ada konferensi pers dan rapat raksasa di Gedung Lembaga Bantuan Hukum (LBH) di jalan Diponegor 74. Hadir wartawan dalam negeri dan asing, perwakilan kedutaan besar yang ada di jakarta. Saat itu ditanya siapa yang mau jadi preiden lawan Soeharto, Ali Sadikin, tidak bersedia, Adnan Buyung Nasution, tidak bersedia, Todung Mulya Lubis, tidak bersedia, Amien rais, tidak ,bersedia, lalu Wimanjaya. Saya langsung berteriak, bersedia, siaaapp,” katanya dengan semangat berteriak meniru gayanya dulu dengan gaya menyatakan siap, seperti sedang menghormati Bendera merah Putih kalau saat sedang Upacara Bendera.
Setelah peristiwa pencalonan diri menjadi Presiden tersebut, dirinya langsung ditangkap. Namun, dirinya tidak ditangkap di Jakrta, melainkan saat dirinya pulang ke kampungn halamannya di Sangir Talaud Manado untuk meminta restu orang tua dan keluarganya menajdi Presiden.
“Baru pada tanggal 4 September tahun 1996 itu, sa ya satu-satunya calon presiden yang melawan Soeharto, saya berangkat ke Sangir, ktemu ayah dan ibu saya. Saya sunkem terus saya bilang saya mau jadi Presiden RI. Baru ciuman dengan Bapa dan Ibu saya, tahu-tahunya bapak dan Ibu saya kaget dan gemetaran, loh kenapa seluruh halaman rumah sudah dipenuhi tentara, polisi, sepeda motor, dan jeep. Waduh, saya langsung ditangkap, dibawa ke Manado dengan kapal, baru dari manado dengan pesawat dibawa ke jakarta, baru masuk tahanan Mabes Polri satu tahun kemudian dipindahkan ke Cipinang selama dua tahun,” katanya tetap dengan riang dan semangat.
Namun, status terdakwanya sebenarnya lima tahun, dan karena dia dibebaskan pada sebulan sebelum Soeharto lengser pada taun 1998, dimana pada waktu itu dia langsung gabung dengan mahasiswa untuk mendudki senayan dan meminta Soeharto lengser. Dirinya pun hanya dipenjara dua tahun.
Namun, karena statusnya masih terdakwa saat dikeluarkan dari penjara, Wimajaya mau agar dirinya benar-benar bebas. Iapun meminta agar perkaranya dibuka kembali. Dan tim baru pada saat itu memutuskan, bahwa dirinya tidak bersalah, karena dalam bukunya tidak mengandung tindakan kriminal. Pada tahun 2001 pun, dia resmi bebas.
Wiman kemudian melkukan gugatan terhadap jaksa Agung pada Januari tahun 2015, karena dalam putusannya tahun 2001 tersebut, dia tidak bersalah, namuin dipenjara dua tahun, dan ditahan satu tahun. Atas penajra dua tahun tersebut, dinilainya sudah merugikannya, sehingga digugat ke Pengadillan negeri jakarta Selatan. Dan akhirnya gugatan yang menuntut Jaksa Agung membayar ganti rugi 126 miliar tersebut dikabulkan sebagiannya oleh majelis Hakim pada Agustus 2015 lalu.
Kini dirinya berhak mnerima ganti rugi sebesar satu miliyar rupaih. Namun, hingga saat ini uang tersebut belum diterimanya, , karena Jaksa Agung melakukan upaya Banding ke Pengadilan Tinggi, sehingga putusan tesebut belum berkekuatan hukum tetap(incracht). Atas upaya banding Jaksa Agung dirinya pun melakukan upaya kontra banding ke Pengadilan Tinggi dan hingga saat ini hasilnya belum ada.