Dia dituduh berbahaya oleh pemerintah Belanda, padahal rakyat simpatik pada Sarekat Ambon. Karena dituduh melanggar hukum (adat) dan menghasut rakyat, dia ditangkap dan ditahan oleh Asisten Residen. Kemudian dibawa ke Makassar dan diadili oleh Raad van Justitie.
Setelah dihukum, dia diringkus ke Bengkulu, selanjutnya diasingkan ke Boven Digul, Papua hingga pecah Perang Dunia II.
Pada masa Jepang, dia dapat meloloskan diri ke Australia dan saat revolusi kemerdekaan, berjuang bersama Bung Karno dalam mempertahankan Proklamasi 17 Agustus 1945 dan Negara Kesatuan RI.
Sejumlah referensi sejarah menyebutkan AJ Patty meninggal dunia di Bandung pada 15 Juli 1947, namun ada juga yang menyebutkan dia meninggal pada 1957.
