Pada 1996, Andi tercatat pernah menjadi Ketua Solidaritas Mahasiswa untuk Demokrasi (SMID) yakni salah satu organisasi yang menaungi para aktivis menggalang aksi demonstrasi menolak pemerintahan Soeharto. Di bawah naungan SMID, Andi Arief aktif menjalankan aktivitas politik melawan rezim orde baru.

Pada 28 Maret 1998, tepatnya dua bulan sebelum Soeharto lengser, Andi Arief secara tiba-tiba menghilang. Ia diculik oleh Tim Mawar dari Komando Pasukan Khusus (Kopassus). Saat itu, Prabowo Subianto baru saja dilantik menjadi Panglima Kostrad.
Andi tak sendiri, ia bersama Suyat, Mugiyanto dan Nezar Patria juga turut menjadi korban penculikan.
Beruntung, Andi Arief menjadi salah satu aktivis yang dibebaskan, sementara masih ada beberapa rekan Andi Arief lainnya yang hingga kini tak diketahui rimbanya.