Gus Dur dilengserkan atas kebijakan-kebijakan yang dianggap kontroversial dan dugaan korupsi.
Gus Dur sempat mengeluarkan dekrit tentang pembubaran DPR/MPR dan mengembalikan kedaulatan ke tangan rakyat dengan mempercepat Pemilihan Umum (Pemilu) selama satu tahun.
Namun, Mahkamah Agung (MA) menilai keputusan Gus Dur saat itu bertentangan dengan hukum.
Hingga akhirnya pada Senin 23 Juli 2001, Megawati resmi dilantik dan diambil sumpahnya menjadi Presiden Indonesia kelima menggantikan Gus Dur hal ini tertuang dalam Ketetapan MPR Nomor III/MPR/2001.
Masa jabatan Megawati terhitung sejak tanggal ia dilantik hingga 2004.